Untuk melaksanakan tugas Kepala Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olahraga Kabupaten Gunungkidul dibantu oleh pejabat eselon III dan Eselon IV, dengan susunan organisasi sebagai berikut :

1. Kepala Dinas;
2. Sekretariat, terdiri dari :

1. Subbagian Umum;
2. Subbagian Kepegawaian;
3. Subbagian Keuangan;
4. Bidang Perencanaan terdiri dari :
   1. Seksi Data dan Perencanaan;
   2. Seksi Evaluasi dan Pelaporan;
5. Bidang Pendidikan Taman Kanak-Kanak dan Sekolah Dasar, terdiri dari:
   1. Seksi Bina Administrasi, Sarana, dan Prasarana;
   2. Seksi Bina Pendidik dan Kurikulum;
6. Bidang Pendidikan Lanjutan Pertama Pertama, terdiri dari:
   1. Seksi Bina Administrasi, Sarana, dan Prasarana;
   2. Seksi Bina Pendidik dan Kurikulum;
7. Bidang Pendidikan Menengah, terdiri dari:
   1. Seksi Bina Administrasi, Sarana, dan Prasarana;
   2. Seksi Bina Pendidik dan Kurikulum;

1. Bidang Pendidikan Anak Usia Dini, Non Formal, dan Informal, terdiri dari:
   1. Seksi Pendidikan Anak Usia Dini;
   2. Seksi Pendidikan Masyarakat;
2. Bidang Pemuda dan Olahraga
   1. Seksi Pemuda;
   2. Seksi Olahraga
3. Unit Pelaksana Teknis;

Kelompok Jabatan Fungsional.